冷藏车制冷机组是为冷藏车货柜提供源源不断的“冷”的重要设备，一般都加装在货柜的前面顶部，有空调般的外形，但比同体积的空调具有更强的制冷能力。制冷机组一般分为两种，独立式机组和非独立式机组，区别在于独立机组完全通过另外的一个机组来发电供维持工作，非独立机组是完全通过整车的发动机工作取力来带动机组的制冷工作。冷藏车制冷机组的选择一般根据冷藏厢体的容积和运输的货物对温度的要求，来选择不同功率制冷量的制冷机组。
冷藏车的制冷机组用于温度的调控，而厢体的作用是用于温度的保持。如果说制冷机组是能量的提供者，那么厢体就是能量的储存者。在冷藏车的三大部件中，制冷机组和保温厢体是最重要的，去除底盘可以作为小型的保温、冷藏库。保温厢体选择一般遵循几个点:保温性能好，重量轻，不易损坏。
1.冷藏冷冻车厢、机组隔热。
用于运输易腐食物产品的车辆必须良好隔热，以阻止热量托架通过车辆舱壁流动。隔热质量是可测量的，其热传导系数为U。U 因数越小，隔热越好。冷藏车辆隔热最常用的材料是泡沫塑料，因为它们的U 因数低、重量轻、耐水且不会锈蚀。在制造时，进行塑料的" 在位发泡"，能够获得更大的隔热优势。这种工艺能够堵住空气可能透过的裂缝和缝隙。使用高度抛光的钢或铝制外皮可以进一步提高隔热效能，因为它们能够有效反射太阳或路面的热辐射。还有供冷藏车辆使用的反射油漆。但是，如果不保持车辆外部清洁，则任何材料的反射效果都会减小。此外，车门密封必须正确安装且处于良好状态，如果车门密封泄漏，则高质量的隔热也没有多少价值。
2. 冷藏冷冻车厢、机组顶部送风。
在使用顶部送风的拖车内，通常使用下列结构特点来增强空气循环和其后的货物温度控制。用天花板上的风道将空气从风机引到拖车的尾部。
3. 冷藏冷冻车厢、机组空气循环。
空气循环是冷藏易腐食品货物保护方面的最为重要的因素之一。如果制冷空气不能正确循环以保持产品温度，制冷容量就毫无意义可言。空气循环将产品的热量和透过拖车的舱壁、地板和天花板进入的热量带到制冷机组，由制冷机组排出这些热量；同时也可以进行加热空气的循环，以保护新鲜产品避免发生冻伤。此外，为了确保全部货物的温度均匀，空气循环也极为重要；制冷车辆内的空气循环方法主要有两种，常规方法是上方，或称顶部送风，第二种方法是底部送风，海运集装箱广泛使用这种方法已有数十年，但在高速公路拖车上的应用目前还很有限。
4. 冷藏冷冻车厢、机组回风
根据美国一家制冷设备制造商和用户协会建议，送风风道应具有不小于1548CM2 的断面面积，并应从车辆的前部延伸到距尾部3~5 m 处，还应配备逐渐加大的气流分支接口（前3 m 长度除外）；在舱壁上应绘制一条最高装载高度线，此线应低于送风风道底部的高度；在冷链运输实践中，通常可以利用后门内侧上的垂直沟道或肋条，以及用于对货物尾部进行交叉支撑的装置来实现，使货物发生移动时，避免阻塞货物与后门之间的空气循环。